最低給与でのバイオインフォマティクス。なぜ氷河のノミの親戚なのですか?

トレーニングの関連性

ノミの順序の分類の開発における重要な段階は、遺伝子分子研究の開発に関連しています。現在、これらの方法のおかげで、ノミとメコプターの注文の親族関係が確認されています。リボソームDNAの遺伝子、タンパク質合成の伸長因子、ミトコンドリア遺伝子チトクロームオキシダーゼII(COII)は、メコプター目のほとんどの家族の代表で研究されており、16家族からの83属のノミの128種が活発に研究されています(S.G.Medvedev。2009; Whiting 2002; Whiting et al.2008)。ノミの系統は、これらの遺伝子のデータに基づいて、系統樹を構築するさまざまな方法と、ペアワイズ距離を計算するためのモデルによって再構築されます。ペアワイズ距離は、コンセンサスツリー(ストリックコンセンサス)の形式で提示されることがよくあります(Whiting et al.2008)。しかし、場合によっては、遺伝子分子研究の結果は家族の絆のスキームと矛盾します、系統発生分析に基づいて得られた。さらに、分子遺伝学的データのさまざまな解釈に従って、ノミの主要なインフラオーダーの起源をさまざまな方法で解釈することができます。したがって、異なる著者の観点から、同じクレードのノミは多葉性グループと単葉性グループの両方である可能性があります(Whiting et al.2008、S.G。Medvedev.2019)。これは、現代のノミの動物相の生態学の特殊性と、分子遺伝子データを扱う際のさまざまな方法論的問題の両方が原因である可能性があります。および単葉群(Whiting et al.2008、S.G。Medvedev.2019)。これは、現代のノミの動物相の生態学の特殊性と、分子遺伝子データを扱う際のさまざまな方法論的問題の両方に関連している可能性があります。および単葉群(Whiting et al.2008、S.G。Medvedev.2019)。これは、現代のノミの動物相の生態学の特殊性と、分子遺伝子データを扱う際のさまざまな方法論的問題の両方が原因である可能性があります。





最初の点に関しては、分類学において同等の地位を有する個々のノミの系統の分離が、異なる歴史的間隔で起こったことを強調する必要があります。これは、次に、ノミの動物相が広範囲の古動物相の散在した断片であり、現在はほとんど消滅していることを意味します(S.G.Medvedev。2009、S.G。Medvedev.2019)。このことから、遺伝子分子研究へのさまざまな方法論的アプローチでは、ヌクレオチド配列の収束進化(ホモプラシア)を見失う可能性があり、ツリーのトポロジーを決定する際のエラーやブランチの統計的サポートの低下につながる可能性があります。したがって、たとえば、異なる分類群に対して異なる関係を持ち、したがって、遺伝子の異なる部分に対して異なる関係を持つデータを使用すると、シーケンスにギャップがあり、サンプルごとに異なる場所のデータがないことがわかります(S.G.Medvedev。2019、Lukashov V.V.2006)。したがって、調査方法を選択する際には、これらすべての問題を考慮に入れ、最も調査された一般的なノミ分類のサンプルを選択して、最も調査されたメコプターサンプルと比較する必要があります。このようにして、高いサポートでより信頼性の高いツリーを構築できます。





, Siphonaptera Mecoptera -II (COII).





:

  1. Siphonaptera NCBI [5], .





  2. (COX 1) Siphonaptera .





  3. -II (COII) Mecoptera Siphonaptera   NCBI [1].





  4. MEGA X.





  5. .





NCBI [5] : Chaetopsylla globiceps (Taschenberg, 1880), Chaetopsylla trichosa (Kohaut, 1903), Ctenocephalides felis (Bouché, 1835), Ctenocephalides canis (Curtis, 1826), Ceratophyllus sciurorum (Schrank, 1803), Leptopsylla segnis (Schönherr, 1811). , NCBI[1], Boreus: Boreus westwoodi (Hagen, 1866), Boreus hymalis (Linnaeus, 1767), Boreus coloradensis (Byers, 1955), Boreus nivoriundus (Fitch, 1847), Boreus brumalis (Fitch, 1847), Boreus californicus (Packard, 1870), (.1.).





UPGMA [2] , - 500 [3]. Muscle (. 2.) MEGA X [4]. Muscle .  , .  translate DNA to protein and vice versa (.3), .  (. 3.) , - , . (.4). MEGA .  Modeltest 3.06 PPC (Posada, D., Crandall, K.C., 1999)  (AIC), . AIC , , (Posada, D., Buckley, T.R., 2004.).  MEGA X [4] 64- Windows 10 Home 4- INTEL 1,6 1  .





- [6] (.5.). 12 . 1-+2-+3-+. ( ). 742 .





( 1.)





左上:フリーチーム。 右上:メコプターチーム。 これらのユニットのファミリを以下に示します。
: . : .

(.2.)





私が行った配置の例。
.

(.3.)





順番にアスタリスクのない正しい例

(.4.)





私が見つけたアスタリスクの例。 シーケンスにエラーが表示されます。
, . .

 (.5)





距離計算

. Mecoptera Siphonaptera. 60% , Mecoptera Siphonaptera. , , , . 





, MEGA X [4] (80%-100%) , . Ceratophyllus sciurorum Leptopsylla segnis (73%), . , (.. .2009; Whiting 2002; Whiting et al. 2008).





Mecoptera Siphonaptera . . Boreus nivoriundus Boreus brumalis (80%) «» Chaetopsylla globiceps Chaetopsylla trichosa (100%). , Mecoptera Siphonaptera. Boreus californicus (67%) . , . (.6.)





(.6.)





系統樹。
.

. . , , , . . . . [https://vk.com/phanerozoi] . , .









.





, , .





, .





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