奇跡的なコロナウイルス:SARS-CoV-2の実験室起源に関する仮説を分析します

こんにちは、Habr!私の名前はアレクサンダーパンチンです。生物学者です。たまたま、同僚と私は本日、陰謀論の分析に関する科学論文をBioEssays誌に掲載しました。この記事は、もともとHabréへの投稿の形で作成されました。特に親切な人たちが私をここに招待してくれたので、私のブログだけでなくここでも分析を公開することは私には論理的であるように思われました。



今年2月初旬、武漢を訪れたWHOの専門家は記者会見で、SARS-CoV-2コロナウイルスの人工起源のバージョンを除外すると述べた[1]。ウイルスはおそらくコウモリから未知の中間宿主を介して来ました。それでも、3月に発表されたレバダセンターの調査によると、ロシア人の64%が「コロナウイルスは人工的に作成されたものであり、生物兵器の新しい形態である」と述べています[2](図1、好奇心から、ここで同様の調査)。



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確かに、流行の間、コロナウイルスの人工的な起源について多くのバージョンがメディアに登場しました。彼らのほとんどは武漢研究所を疑ったが、米国やロシアの「ベクター」に対する告発もあった。 SARS-CoV-2は、HIVゲノム、ヒト遺伝子の配列を使用して作成されたものであり、これはNature誌の科学出版物からのコロナウイルスであると主張されました。これはすべて私のブログのページで詳細に説明されています[3 -4]。



しかし、ある陰謀説は黄色いメディアや個人のブログには登場しませんでしたが、Habr [5]から非常に立派な科学雑誌BioEssays [6]のページに移行しました。 RossanaSegretoとYuriDeiginの記事によると、SARS-CoV-2コロナウイルスは、「RaTG13コロナウイルスに類似したゲノムと、鱗甲目に見られるものに類似したコロナウイルスの受容体結合ドメインを組み合わせることによって合成できた」とのことです。ユーリ(この仮説の著者、元々はハブレに投稿された)が最初の科学論文であるのは不思議です。



BioEssaysは本日、この記事で見つかった多数のエラーの詳細な分析と、SARS-CoV-2コロナウイルスの自然起源を支持する証拠の分析を発表しました。この作業は、M.V。にちなんで名付けられたモスクワ州立大学の老化システム生物学研究所の主任研究員であるAlexanderTyshkovskyと共同で行いました。ロモノソフとハーバード大学医学部。



SegretoとDeiginによる記事の問題を1つずつ分析してみましょう。



1.コウモリのコロナウイルスRaTG13は、SARS-CoV-2コロナウイルスの最も近い既知の近縁種です。ただし、ゲノムレベルでの2つのウイルス間の類似性は96.2%にすぎません。これらの違いから、これらのコロナウイルスの発散時間のおおよその推定値は次のようになります-1948-1982(40-70年前)。実験室での培養でさえ、このプロセスを大幅にスピードアップすることはありません。たとえば、関連するSARSウイルス(SARS-CoV)を30日間培養しても、ゲノムレベルでの差異はわずか0.02%でした。したがって、このような実験でRaTG13からSARS-CoV-2を作成するのに15年以上かかったでしょう。



実験室でウイルスの進化中に突然変異の蓄積を加速する方法があると主張する人もいるかもしれません。ただし、このような方法では「痕跡」が残ります。このアプローチでは、自然条件よりも頻繁に突然変異が発生します。 SARS-CoV-2に至る進化の道では、そのような痕跡は見られません。それどころか、ヌクレオチド置換は、別の天然コロナウイルスであるSARS-CoVの進化経路と同じ相対頻度で発生しました(図2)。



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2.パンゴリンに見られるコロナウイルスの受容体結合ドメインもSARS-CoV-2コロナウイルスの作成には適していません。 SegretoとDeiginは、このドメインとSARS-CoV-2の同一性について書いていますが、これはアミノ酸配列のレベルでのみ当てはまります。遺伝子レベルでは、これらのドメインをコードするRNA領域間の類似性はわずか86.6%です(図3)。これは、これらの違いの蓄積にも何年もかかることを意味します。パンゴリンコロナウイルスが2019年にのみ発見されたという事実にもかかわらず。



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3. SARS-CoV-2コロナウイルスは、コウモリコロナウイルスとパンゴリンコロナウイルスを組み合わせた製品であると主張し、セグレトとデイギンは、「パンゴリンの人口密度が低く、コロナウイルスの発生率が低いことを考えると、自然組換えの可能性が低いことについて話します。 。」このようなシナリオでは、2つのコロナウイルスが同時に1つの鱗甲目に当たるはずでしたが、これはありそうもないように思われるかもしれません。しかし、鱗甲目に見られるコロナウイルスのほとんどすべての株はコウモリからのものです。そして、現在のパンゴリンコロナウイルスも例外ではありません。したがって、2つのコロナウイルスの組換えについて話していたとしても、ウイルスが常にそれを行うコウモリで非常によく発生する可能性があります。そしてその後、結果として生じるウイルスが鱗甲目に侵入する可能性があり、そのようなシナリオはもはやありそうもないように思われます。



最後に、SegretoとDeiginは、コロナウイルスの進化を研究し、SARS-CoV-2はおそらく組換え産物ではないと結論付けたNatureMicrobiology誌の記事にも言及していません。スパイクタンパク質遺伝子に基づいて、raTG13コウモリウイルスは組換えプロセス中に発生しました。ですから、コロナウイルスのある種の人工的な起源について話すなら、むしろこれです。確かに、SARS-CoV-2の数年前に開かれたので、ここでは陰謀論者は失敗するでしょう。



4. SegretoとDeiginの別の議論は、SARS-CoV-2 RNAの発見された領域にあり、これはFauI酵素によって切断される可能性があります。このような酵素は遺伝子工学者によって使用され、切断部位はフューリン部位の12ヌクレオチド挿入物の内側にあり、これはウイルスの細胞への浸透に重要な役割を果たします。ここにあるように思われるでしょう-人工的な起源を示唆する証拠。しかし、実際には、遺伝子工学者はそのような酵素の数千を知っており、それぞれが独自のヌクレオチド配列を認識しています。遺伝子の関心領域にある酵素の切断部位を見つけるのがいかに簡単かを示すために、単純なNEBCutterプログラムを使用しました。 FauIによって切断されている部位の500ヌクレオチド付近にいくつの潜在的な「切断部位」が見られるかを調べました。そのようなサイトは287ありました。それらの180はユニークです(例は図4で見ることができます)。



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言い換えれば、平均して、3つおきのヌクレオチドが何らかの酵素によって切断されます。著者は、最初に「撃ち」、次にターゲットの描画を終了するときに、典型的な「テキサスシューター」の間違いを犯します。 FauI部位を単離するための先験的な根拠はなく、議論された12ヌクレオチドフラグメントの内部で、いくつかの酵素の切断部位がほぼ確実に見つかります(計算は省略しますが、この確率は約99.5%です)。



これらは、記事で見つけたすべてのエラーや誤った仮定ではありませんが、一般的なプレゼンテーションには複雑すぎることが判明する場合があります。セグレトとデイギンが同じ記事で示唆している、関連する陰謀論への異議だけに注目する価値があります。 SARS-CoV-2は、前述のコウモリや鱗甲目の既知のウイルスから作られているのではなく、武漢研究所に注意深く隠されているいくつかの未知のウイルスから作られているという考えは改ざんされていません(ポッパーの基準を満たしていないため、検証できません)。さらに、追加の仮定が少ないため、自然界で2つの未知のウイルスが組換えられるという仮説(オッカムの剃刀の原理)の確率が失われます。



彼らの記事の中で、DeiginとSegretoは、現代の合成生物学の方法を使用するのと同じ方法で、SARS-CoV-2ゲノムを含むすべてのゲノムを「痕跡を残さずに」印刷することが可能であると書いています。もちろん、これはそうですが、現代の合成生物学の方法でウイルスを再現することができ、SARS-CoV-2はここでは目立たないため、これは議論の余地がありません。同じ成功で、風邪の原因物質のいずれかの実験室起源に関する記事を書くことができます。



心理学者のロブ・ブラザートンは素晴らしい本を持っています:不信の心。陰謀説に私たちを惹きつけるもの」[8]、私はそれを推薦するのに飽きることはありません。それは人々に未確認の陰謀を信じさせる人間の思考のいくつかの興味深い特徴を提供します。



まず、人々には「比例エラー」があります。大きなイベントには大きな理由があるはずだという期待です。強力な国の大統領が普通の人に殺されたとか、世界中の空港の閉鎖がなんらかの哀れなランダムな突然変異によるものだと人々は信じがたい。最も危険なウイルスの周りに陰謀説が生まれるのは不思議ですが、たとえば、秘密の研究所がヘルペスウイルスの作成の背後にあるという理論には出くわしていません。



第二に、人々は目的論的思考、つまりすべてが何らかの目的で起こるという考えによって特徴付けられます。以前は、人々は自然を活気づけ、地震、雷、またはスコールで霊や神の怒りを見ました。現在、これらの現象は人々に理解されていますが、エピデミックの原因は多くの人を困惑させています。そして、同様に、彼らは合理的な始まりを求めています。この点で、陰謀論は創造論に近い[9]。



第三に、予測は人々に特有のものです-自分の代わりに自分自身を置くことによって他の人々の考えを理解しようとします。 2011年に、British Journal of Social Psychologyは、陰謀論を自分で信じる人々が陰謀に参加することをいとわないという記事を発表しました[10]。



これらすべてが合わさって、恐ろしい科学者がどのようにウイルスで人々を毒殺し、次に5Gを通じてすべての人にチップを導入し、人類を制御するためにワクチンで人々を毒殺するかについての情報の流行を私たちに与えます。そして、コロナウイルスに対する効果的なワクチンがすでに作成されている場合、私たちは陰謀説を打ち負かすことを夢見ることしかできません。しかし、特に科学雑誌のページでは、少なくとも1つはそれを目指して努力する必要があります。



[1] www.rbc.ru/society/09/02/2021/602269ca9a79476961c9fcfb

[2] www.levada.ru/2021/03/01/koronavirus-vaktsina-i-proishozhdenie-virusa

[3] scinquisitor.livejournal.com /173753.html

[4] scinquisitor.livejournal.com/174949.html

[5] habr.com/ru/post/497956

[6] Segreto、R。、およびDeigin、Y。(2021)。 SARS ‐ CoV ‐ 2の遺伝的構造は、実験室の起源を除外するものではありません。 BioEssays、43、e2000240。 doi.org/10.1002/bies.202000240

[7] Tyshkovskiy、A.、Panchin、AY。 (2021)。 SARS-CoV-2検査室起源の証拠はありません:SegretoおよびDeiginへの応答(https://doi.org/10.1002/bies.202000240)。 BioEssays。 e2000325。 doi.org/10.1002/bies.202000325

[8] Evolutionfund.ru/project/1/book/3/nedoverchivye-umy-chem-nas-privlekayut-teorii-zagovorov

[9] Pascal etal。 2018.創造論と陰謀主義は、共通の目的論的バイアスを共有しています。カレントバイオロジー。 28.847-870。

[10]ダグラス等。2011.それを知るのに人は必要ですか?陰謀論の支持は、陰謀を企てる個人的な意欲に影響されます。社会心理学の英国ジャーナル。10(3):544-552



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